Отдел по делам молодежи  был образован 30 октября 1991 года, решением  VI сессии Совета народных депутатов 21 созыва. Уже через три месяца отдел переименовали в комитет по делам молодежи. С этого момента Нефтеюганский городской комитет по делам молодежи являлся структурным подразделением Нефтеюганской городской администрации.

С 1998 года у комитета произошли перемены – он вошел в структуру вновь созданного департамента по социальным вопросам и развитию администрации города. В 2006 году департамент по социальным вопросам и развитию переименован в департамент культуры, молодёжной политики и спорта, а 27.07.2006 приказом №600 департамента культуры, молодёжной политики и спорта было решено переименовать: комитет по делам молодёжи – в комитет по молодёжной политике, с 2008 года – это отдел молодёжной политики департамента по социальным вопросам.

Последние перемены в отделе произошли совсем недавно: решением Думы города Нефтеюганска № 89-V от 12.07.2011 в связи с реорганизацией департамента по социальным вопросам, в канун своего 20-летия,  с 01.10.2011 отдел молодежной политики стал структурным подразделением департамента образования и молодежной политики администрации города. В настоящее время руководит отделом Новикова Наталья Владимировна.