Региональный проект «Сохранение уникальных водных объектов» - это проведение мероприятий по очистке берегов водных объектов.
На территории города ежегодно проводятся мероприятия по санитарной очистке от мусора берегов и прилегающей акватории водных объектов в рамках реализации регионального проекта «Сохранение уникальных водных объектов» (СУВО).

В рамках данного проекта на территории города ежегодно организуются общегородские субботники, в том числе по очистке от мусора берегов и прилегающей акватории водных объектов. Из года в год увеличивается количество населения, вовлеченного в мероприятия по очистке берегов водных объектов. 

Так в соответствии с постановлением администрации города Нефтеюганска от 23.04.2024 № 782-п «О проведении мероприятий санитарной очистки, благоустройства и озеленения территории города Нефтеюганска» с 06.05.2024 по 13.09.2024 проведены мероприятия по очистке береговых линий водных объектов на территории города Нефтеюганска, в рамках которой были очищены берега протяженностью 31,1 км.

В акции приняли участия структурные подразделения администрации города, общественный совет, Нефтеюганское управление Природнадзора Югры, волонтёры, общественные организации, коллектив РН "Юганскнефтегаз", совет молодежи Нефтеюганского филиала ООО «РН-Сервис» и ООО НФ «Буровая компания Евразия», управляющие организации и неравнодушные жители города, общей численностью 4793 человек. Всего собранно около 50 тонн бытовых отходов. 

Санитарная очистка береговых линий водных объектов проводится на территории оз. Голубое, протоков Юганская Обь и Акопас. 

Вывоз твердых коммунальных отходов осуществляется на межмуниципальный полигон твердых коммунальных отходов в Нефтеюганском районе ООО «Ситиматик-Югра».

В соответствии с муниципальной программой города Нефтеюганска «Развитие жилищно-коммунального комплекса и повышение энергетической эффективности в городе Нефтеюганске» (утвержденной Постановлением администрации города Нефтеюганска от 15.11.2018 № 605-п) финансирование на реализацию регионального проекта «Сохранение уникальных водных объектов» не предусмотрено.